海瑞是最积极的一个。但引起官绅大哗，说他“偏执”、“疯癫”、“见识短”，最终以“鱼肉缙绅，沽名乱政”罪名而罢官，只做了七个月应天巡抚。当时张居正只是普通阁臣，无力救助，只能写信去表示爱莫能助。
早在执政之初，张居正就打定主意要清丈土地。他说：“上损而下益，私门闭则公室强。”——砍了上流社会的非法所得，才能让下面小民宽松一点。官吏不营私，国家才能强盛。
当时有人反对清丈均赋，说如果“吹求太急，民且逃亡为乱”。查的太紧太严了，老百姓会闹乱子。
张居正严词驳斥——这都是睁着眼睛胡扯，打击富户为何有人这么心疼？他质问：“曾有官清民安、田赋均平而致乱者？”
什么是真理？这就是真理！
到万历五年十一月，张居正已将吏治整顿好，便腾出手来，公告：今后将要在全国范围内进行清丈。包括皇庄、屯田，只要是大明疆土内的土地，不许有一点隐瞒。并言明：“有敢挠公法，伤任事之臣者，国典具存，必不容贷！”官绅富户谁敢武力抗法，大刑伺候。
号令一下，“天下奉行懔懔焉”——没有谁敢不执行的。
清丈以福建为试点，第二年中，张居正派湖广老乡耿定向出任福建巡抚，打头阵。并写信告诉他说：“苟利社稷，死生以之。仆比来唯守此二言，虽以此蒙垢致怨，而与国家实为少裨。愿公之自信而无畏于浮言也。”
到万历八年，福建清丈完毕，共清出隐漏土地23万余亩。
随即全国清丈开始，限期三年。张居正和阁僚及户部尚书张学颜制定了八项注意，颁行全国。
一时间，万里大明河山，量田测地真忙！张居正也大为振奋，称此事为“百年旷举”。
清丈中，果然遇到预想中的阻力。
有宗室（皇亲）出面阻挠的，张居正回击得相当严厉，拟旨予以处罚，或废为庶人，或夺去宗俸。
有官员敷衍了事的，拿以往的黄册一抄了事。科道立即弹劾，给予夺俸、降级处分。
还出现了事先没料到的过激倾向，有的地方官为了追求虚名，凭空虚增田地亩数，或将荒地算成良田，还有的用缩小了的弓尺进行丈量。张居正发现问题后，提出只论当否，不论迟速，适当放宽了期限，不使运动走到反面。
丈量是用一种像巨大的弓一样的尺子。先由业主自报亩数，然后由业主和官府指派的弓尺手先行“自丈”，最后官府来人核查。两下里吻合后，在图册上盖“丈验相合”章。以此为根据，编制出新的“万历鱼鳞图册”。
这个图册，相当精确，直到清初还在使用。
清丈结束后，官田、民田一视同仁，按照肥瘠程度分为上、中、下三等课税，比较接近实际情况。史载：“清丈之后，田有定数，
