换小，是可以的，以平安换危险，是可以的；权衡一时的形势，不顾忌根基不稳固，也是可以的。现今三者无一有利，希望将军对这种情况细细权衡。”太祖这才打消了攻徐州的念头，大力收割麦子，再次与吕布交战，分兵平定各县。吕布败走，兖州因此而平定。
建安元年(196)，太祖击败黄巾军。汉献帝从黄河以东返回洛阳。太祖想迎献帝迁都许县，有人认为山东尚未平定，韩暹、杨奉新近迎天子到洛阳，北面联合张杨，尚不能即刻控制他们。荀彧劝太祖说：“从前晋文公迎周襄王返回而诸侯服从，汉高祖东征项羽，为义帝穿素服发丧而天下归心。自从天子蒙乱，将军您首先倡导义兵勤王，只是因为山东地区纷扰战乱，还不能远赴关右，但还是分派将领，冒险与朝廷通使节，虽挽救国难于朝廷之外，而心无时不系于王室，这是将军诚扶天下的一贯志向。现今天子已返回京城，而洛阳又狼藉不堪，一片荒芜，义士有保朝廷的想法，百姓感念旧主而更增哀伤，如能趁此机会，拥戴天子以顺从民心，这是大顺；秉持大公无私之心以使天下豪杰归服，这是大略；主持正义以纳英才俊杰，这是大德。这样，天下虽有人叛逆，必定不会成为我们的忧患，这是很清楚的。韩暹、杨奉岂敢为害？如不及时扶正朝廷，天下将生叛离之心，以后即使考虑此事，也来不及了。”于是太祖到了洛阳，迎接天子迁都许昌。天子任命太祖为大将军，提升荀彧为汉侍中，代理尚书令。经常居于朝中理朝政，太祖虽征战在外，军国大事都要与荀彧筹划。太祖问荀彧：“谁能替代您为我出谋划策？”荀彧说：“荀攸、钟繇。”原先，荀彧谈到出谋划策之士，曾举荐了戏志才。志才死后，又推荐了郭嘉。太祖认为荀彧知人善任，他所推荐的人大多是称职的，只有严象为扬州刺史，韦康为凉州刺史，后来兵败身亡。
自从太祖迎奉天子之后，袁绍心中不服。袁绍已经兼并了黄河以北各郡县，天下人都畏惧他的强大。太祖正在忧虑东边的吕布，抗拒南边的张绣，而张绣在宛县打败了太祖军。袁绍更加骄横，给太祖写信时，言辞无礼而傲慢。太祖大怒，出入举止不同于常，众人都说是因败于张绣的缘故。钟繇就这事问荀彧，荀彧说：“曹公是聪明人，必定不会追咎往事，可能是为其他事忧愁。”于是见太祖而询问，太祖便将袁绍的信给荀彧看，说：“我现在想讨伐不义，可力量敌不过他，怎么办？”荀彧说：“古来较量于成败场上的，如果真有才能，纵然弱小，也必将变得强盛；如果是庸人，纵然强大，也会变得弱小。刘邦、项羽的存亡，足以可以使人明白这个道
