谋的良机，不可失去啊！”太祖于是留了下来。进而以奇兵偷袭袁绍的其他军营，斩杀了他的大将淳于琼等，袁绍退走。审配因为许攸有不法行为，收捕其妻儿，许攸一怒之下背叛了袁绍；颜良、文丑被阵前斩首；田丰由于劝谏而被杀，一切正如荀彧所预想的那样。
建安六年(201)，太祖为筹粮到了东平国的安民县，粮食太少，不足以与河北相峙，想要趁袁绍刚败，利用这个空隙讨伐刘表。荀彧说：“现在袁绍失败，部众离析，应趁此机会，一举平定河北；我们背靠兖州、豫州，如远征江、汉，这时袁绍要是收其残部，乘虚攻击我们的后方，您的大事就完了。”太祖于是再次驻军于黄河岸边。袁绍病死，太祖渡过黄河，袭击袁绍之子袁谭、袁尚；而高干、郭援侵略河东郡，关右震动，钟繇率马腾击败了他们。此事详情在《钟繇传》中另有记载。建安八年(203)，太祖登录荀彧前后的功绩，上表请封荀彧为万岁亭侯。
建安九年(204)，太祖攻下邺城，兼任冀州牧。有人劝太祖：“应恢复古代区划，设置九州，那么冀州所控制的地盘广大，天下就会服从您了。”太祖将采纳这个建议，荀彧说：“如果这样，冀州应包括河东、冯诩、扶风、河西、幽州、并州的地盘，所夺占囊括的地方众多。过去您打败袁尚，捉住审配，全国震惊，必定人人害怕不能保住自己的地盘，拥有自己的军队；现在使他们分属冀州，将会人心紧张。况且很多人在劝说关右诸将闭关自守；现在听到这个消息，以为是对他们一个一个地攻夺。一旦关西发生变乱，即使有守善之人，威迫之下也会为非作歹，那么袁尚得以宽限死期，袁谭也会心怀二意，刘表因此保守江、汉之间，天下就不那么容易平定了。希望您迅速领兵先平定河北，然后修复旧都洛阳，南征荆州，指责刘表不向朝廷进贡，那么天下都了解您的心意，人人安心；天下完全平定后，再计议恢复古制，这才是国家长久的利益。”太祖于是搁置了恢复古制的计划。这时荀攸已经是太祖主要的谋士。荀彧的哥哥荀衍任监军校尉驻守邺城，统领河北军事。太祖征讨袁尚时，高干暗地派士兵偷袭邺城，荀衍事先察觉，全部诛杀之，因功被封为列侯。太祖将女儿嫁给荀彧的长子荀恽，后称安阳公主。荀彧、荀攸均权重显贵，但都谦虚节俭，得到的赏赐、俸禄都分给宗族故里，自家并无余财。
建安十二年(207)，又增加荀彧的封邑一千户，合计二千户。太祖将征讨刘表，问荀彧将采用什么计策，荀彧说：“现在中原地区已经平定，南方的处境就困难了，可以明里出兵宛、叶二县，而暗中抄小路轻装行进，打
