罚犯罪的缺失，在于苛酷暴虐。现在先得到赃物后问讯口供，如果犯人经不住拷打，有可能导致诬骗服罪，这种服罪是不可以断罪结案的。况且简明而易于服从，是德行高尚的人的教化原则。不放过有罪的人，是庸常之世的治理方法，现在宽恕了被怀疑的人，以便发扬简而易从的原则，不也是可以的吗？”太祖听从了他的建议。司马芝又历任甘陵郡、沛国、阳平郡的太守，在所任职的地方都有政绩。黄初中期，入京任河南尹，抑制豪强，扶助弱小，对私下请托不予实行。适逢宫中内官想要托司马芝办事，不敢开口，于是托司马芝的妻子的伯父董昭说情，董昭也畏惧司马芝，不给通话。司马芝为此教训下属众人说：“君主能设立政教，不能做到让属吏必定不去违犯。属吏能违犯政教，也不能做到不让主君知道。设立政教而有人违犯，是主君过于软弱；违犯政教而让人知道，是属吏的祸害。
在上主君软弱，在下有属吏祸害，这就是政事所以不能治理的原因。难道各自不应该努力吗？”自此属下吏役没有不自我勉励的了。司马芝属下的循行曾经怀疑门干偷盗头簪，门干的口供与事实不符，官曹将他拘捕下狱。司马芝说：“大凡事物有的互相类似而难于分别，如果不是离娄那样的人，很少有不迷惑的。就这件事的实际情况而言，循行怎么忍心为了重惜一支簪子，而轻易地伤害他的同类人呢？还是压下这事别再过问了。”明帝即位后，赐爵位给司马芝，为关内侯。不久，特进曹洪的乳母当与临汾公主侍者因为共同侍奉无涧山神被拘捕入狱。卞太后派遣黄门到司马芝府中传达旨令，司马芝不予向上通报，自行命令洛阳狱吏察考完毕，上疏说：“各种应判死罪的情况，都应事先上表审报。先前曾制定文书禁绝淫犯以端正风俗，现在当等人触犯了有关妖邪罪行的刑法，供辞刚刚确定，黄门吴达到臣下这里，传达太皇太后命令。臣下不敢通报，恐怕会有人救护他们，急速报给圣上知晓，如不得已，也只好对他们施予庇护。此事没有早些结案，是臣下的罪过，因此冒犯常规制度，命令县吏察考完毕，擅自执行刑罚杀戮，请求诛杀惩罚。”明帝手书答复说：“看了奏表，明了了你的心意，想奉到诏书，倚仗权势行事，是正确的。这是您奉接诏书的本意，哪里用得着道歉。以后黄门再去你处，千万不要为他通报。”司马芝任大理正官十一年，几次处理法律条文所不便治罪的案子。他在公卿之间，秉持正直原则行事。适逢诸王来京朝见，与京都人交往串通，司马芝获罪被免职。司马芝后来任大司农，在这以前，各个典农各自带领吏民，从事商业以谋生
